از جمله آثار بسیار نفیس موزه مجموعه ­ی نسخه­ های خطی آن است که حدود 40 جلد کتاب خطی را شامل می­ شود. تعدادی از این آثار تورات، انجیل مقدس و کتاب­ های مذهبی است. این مجموعه­ ی با ارزش در دو غرفه­ ی زیر به نمایش گذاشته شده­ اند:

الف) غرفه­ ی نسخه­ های متعلق به جلفای اصفهان.

ب) غرفه­ ی نسخه­ های مربوط به کتاب­ هایی که در کلیساهای ارمنستان غربی (شرق ترکیه کنونی) نوشته شده­ اند و امروزه از اکثر آنها اثری بر جای نمانده است.

بیشتر این کتاب­ ها دارای موضوعات مذهبی­ اند و از کتاب مقدس انجیل اقتباس شده­ اند. برخی از آنها نیز مربوط به اصول و مبانی دینی و اخلاقی هستند. نقاشی­ ها، تذهیب­ های کامل و مینیاتورهای متعدد با زنده­ ترین رنگ­ ها هنر نقاشان ارمنی را به نمایش می­ گذارند. قدیمی­ ترین و جالب­ ترین نسخه­ های خطی این مجموعه عبارت­ اند از انجیلی متعلق به قرن دهم میلادی نوشته شده بر روی پوست و دیگری قرآنی ترجمه شده به زبان ارمنی متعلق به قرن هجدهم میلادی.