کلیسای نیکوغایوس مقدس واقع در محله­ی قاراگل در سال 1630م بنا شده است. کلیسا با پلانی مستطیل شکل در جهت شرقی-غربی قرار گرفته و سقف و گنبد آن بر ستون­های پهن متصل به دیوارهای جانبی تکیه کرده است. این ستون­ها فضای داخلی کلیسا را به سه بخش مرتبط با یکدیگر تقسیم کرده ­اند. گنبد اصلی کلیسا با هشت نورگیر در بالای بخش میانی قرار گرفته. ناقوس خانه نیز در بخش غربی و بر روی سقف بنا واقع شده. در بخش شرقی نیز محراب با دو اتاقک چهارگوش در دو سوی آن قرار گرفته است.

مصالح به کار رفته در ساختمان عبارت­اند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی بنا با گچ پوشانده و در برخی قسمت­ها با خطوط هندسی تزیین شده اند. در سمت شمال شرقی کلیسا، نمازخانه­ی استپانوس مقدس واقع شده که در سال 1774م ساخته شده است. در حیاط کلیسا نیز قبر خواجه میناس قرار دارد که به دستور نادرشاه کشته شد.